Showing metabocard for Orotidine (MMDBc0000368)
Record Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Version | 1.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Detected and Quantified | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Creation Date | 2020-12-10 18:36:16 UTC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Update Date | 2024-04-30 19:31:56 UTC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Metabolite ID | MMDBc0000368 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Metabolite Identification | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Common Name | Orotidine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | Orotidine is a nucleoside formed by attaching orotic acid to a ribose ring via a beta-N1-glycosidic bond. It is a water-soluble solid. Orotidine is found in bacteria, fungi, plants, and animals. In humans, orotidine occurs as its 5'-phosphate (orotidylic acid), which is an intermediate in the biosynthesis of pyrimidine nucleosides (cytidine and uridine) that are found in nucleic acids (as the nucleotides containing the bases cytosine and uracil). Orotidine itself is not a component of nucleic acid. Orotidine monophosphate (OMP) is converted to uridine monophosphate by OMP decarboxylase, which is inhibited by mononucleotide precursors. Large amounts of orotidine are excreted in the urine of cancer patients treated with 6-azauridine, which is one such inhibitor, indicating that the subject has increased DNA synthesis due to cancer. Orotidine was first isolated from a mutant strain of the fungus Neurospora by A. Michael Michelson, William Drell, and Herschel K. Mitchell (PMID: 14853953 ). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | MOL for #<Metabolite:0x00007fb80858a5d0>Mrv1652305271900242D 20 21 0 0 1 0 999 V2000 22.0177 -14.2859 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24.1372 -14.0308 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23.5826 -15.7379 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20.9672 -15.6516 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24.1141 -12.9759 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20.5417 -12.5634 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22.6851 -10.5009 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21.2562 -13.8009 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22.6851 -12.9759 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23.3996 -11.7384 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23.3526 -14.2859 0.0000 C 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23.0976 -15.0704 0.0000 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22.6851 -13.8009 0.0000 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22.2726 -15.0704 0.0000 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21.7877 -15.7379 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21.9707 -12.5634 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23.3996 -12.5634 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21.9707 -11.7384 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22.6851 -11.3259 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21.2562 -12.9759 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 13 1 0 0 0 0 1 14 1 0 0 0 0 11 2 1 6 0 0 0 12 3 1 6 0 0 0 4 15 1 0 0 0 0 5 17 2 0 0 0 0 6 20 1 0 0 0 0 7 19 2 0 0 0 0 8 20 2 0 0 0 0 13 9 1 1 0 0 0 9 16 1 0 0 0 0 9 17 1 0 0 0 0 10 17 1 0 0 0 0 10 19 1 0 0 0 0 11 12 1 0 0 0 0 11 13 1 0 0 0 0 12 14 1 0 0 0 0 14 15 1 1 0 0 0 16 18 2 0 0 0 0 16 20 1 0 0 0 0 18 19 1 0 0 0 0 M END 3D MOL for #<Metabolite:0x00007fb80858a5d0>HMDB0000788 RDKit 3D Orotidine 32 33 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000 3.1468 0.4429 2.5898 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.1095 0.2711 1.8555 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.9784 0.1448 2.5491 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.2825 0.2405 0.4493 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.6008 0.4487 -0.0400 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.8631 0.4556 -1.3746 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5.0161 0.6371 -1.8104 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.8493 0.2621 -2.2024 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.6266 0.0689 -1.7253 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.7342 -0.1047 -2.6318 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.2600 0.0431 -0.3882 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.0804 -0.1962 -0.1742 C 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.9608 0.9143 -0.3303 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.2139 0.3139 -0.4717 C 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.2356 1.0622 0.3907 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.3217 2.3988 -0.0075 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.1246 -1.1009 0.0834 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.8344 -2.0477 -0.8667 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.7616 -0.9139 0.8832 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.4022 -2.2020 1.1594 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.6524 0.8059 3.2304 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4.4048 0.6039 0.6718 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.0359 0.2648 -3.2602 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.4186 -0.8122 -1.1314 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.4998 0.3409 -1.5288 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.9240 0.9849 1.4482 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -4.2402 0.6243 0.2831 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.0367 2.5076 -0.9483 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.9202 -1.3668 0.7721 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.6847 -2.3301 -1.2828 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.2051 -0.3383 1.7340 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.6957 -2.4231 2.0750 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 2 0 2 3 1 0 2 4 1 0 4 5 2 0 5 6 1 0 6 7 2 0 6 8 1 0 8 9 1 0 9 10 2 0 9 11 1 0 11 12 1 0 12 13 1 0 13 14 1 0 14 15 1 0 15 16 1 0 14 17 1 0 17 18 1 0 17 19 1 0 19 20 1 0 11 4 1 0 19 12 1 0 3 21 1 0 5 22 1 0 8 23 1 0 12 24 1 6 14 25 1 6 15 26 1 0 15 27 1 0 16 28 1 0 17 29 1 1 18 30 1 0 19 31 1 1 20 32 1 0 M END 3D SDF for #<Metabolite:0x00007fb80858a5d0>Mrv1652305271900242D 20 21 0 0 1 0 999 V2000 22.0177 -14.2859 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24.1372 -14.0308 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23.5826 -15.7379 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20.9672 -15.6516 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24.1141 -12.9759 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20.5417 -12.5634 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22.6851 -10.5009 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21.2562 -13.8009 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22.6851 -12.9759 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23.3996 -11.7384 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23.3526 -14.2859 0.0000 C 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23.0976 -15.0704 0.0000 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22.6851 -13.8009 0.0000 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22.2726 -15.0704 0.0000 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21.7877 -15.7379 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21.9707 -12.5634 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23.3996 -12.5634 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21.9707 -11.7384 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22.6851 -11.3259 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21.2562 -12.9759 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 13 1 0 0 0 0 1 14 1 0 0 0 0 11 2 1 6 0 0 0 12 3 1 6 0 0 0 4 15 1 0 0 0 0 5 17 2 0 0 0 0 6 20 1 0 0 0 0 7 19 2 0 0 0 0 8 20 2 0 0 0 0 13 9 1 1 0 0 0 9 16 1 0 0 0 0 9 17 1 0 0 0 0 10 17 1 0 0 0 0 10 19 1 0 0 0 0 11 12 1 0 0 0 0 11 13 1 0 0 0 0 12 14 1 0 0 0 0 14 15 1 1 0 0 0 16 18 2 0 0 0 0 16 20 1 0 0 0 0 18 19 1 0 0 0 0 M END > <DATABASE_ID> MMDBc0000368 > <DATABASE_NAME> MIME > <SMILES> OC[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1O)N1C(=O)NC(=O)C=C1C(O)=O > <INCHI_IDENTIFIER> InChI=1S/C10H12N2O8/c13-2-4-6(15)7(16)8(20-4)12-3(9(17)18)1-5(14)11-10(12)19/h1,4,6-8,13,15-16H,2H2,(H,17,18)(H,11,14,19)/t4-,6-,7-,8-/m1/s1 > <INCHI_KEY> FKCRAVPPBFWEJD-XVFCMESISA-N > <FORMULA> C10H12N2O8 > <MOLECULAR_WEIGHT> 288.2109 > <EXACT_MASS> 288.05936537 > <JCHEM_ACCEPTOR_COUNT> 8 > <JCHEM_ATOM_COUNT> 32 > <JCHEM_AVERAGE_POLARIZABILITY> 25.003434122411154 > <JCHEM_BIOAVAILABILITY> 1 > <JCHEM_DONOR_COUNT> 5 > <JCHEM_FORMAL_CHARGE> 0 > <JCHEM_GHOSE_FILTER> 0 > <JCHEM_IUPAC> 3-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydropyrimidine-4-carboxylic acid > <ALOGPS_LOGP> -2.04 > <JCHEM_LOGP> -2.7876156426666667 > <ALOGPS_LOGS> -0.81 > <JCHEM_MDDR_LIKE_RULE> 0 > <JCHEM_NUMBER_OF_RINGS> 2 > <JCHEM_PHYSIOLOGICAL_CHARGE> -1 > <JCHEM_PKA> 9.682367621598052 > <JCHEM_PKA_STRONGEST_ACIDIC> 2.8566931418927357 > <JCHEM_PKA_STRONGEST_BASIC> -2.980299871615192 > <JCHEM_POLAR_SURFACE_AREA> 156.63000000000002 > <JCHEM_REFRACTIVITY> 59.870900000000006 > <JCHEM_ROTATABLE_BOND_COUNT> 3 > <JCHEM_RULE_OF_FIVE> 1 > <ALOGPS_SOLUBILITY> 4.47e+01 g/l > <JCHEM_TRADITIONAL_IUPAC> orotidine > <JCHEM_VEBER_RULE> 0 $$$$ 3D-SDF for #<Metabolite:0x00007fb80858a5d0>HMDB0000788 RDKit 3D Orotidine 32 33 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000 3.1468 0.4429 2.5898 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.1095 0.2711 1.8555 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.9784 0.1448 2.5491 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.2825 0.2405 0.4493 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.6008 0.4487 -0.0400 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.8631 0.4556 -1.3746 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5.0161 0.6371 -1.8104 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.8493 0.2621 -2.2024 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.6266 0.0689 -1.7253 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.7342 -0.1047 -2.6318 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.2600 0.0431 -0.3882 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.0804 -0.1962 -0.1742 C 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.9608 0.9143 -0.3303 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.2139 0.3139 -0.4717 C 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.2356 1.0622 0.3907 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.3217 2.3988 -0.0075 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.1246 -1.1009 0.0834 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.8344 -2.0477 -0.8667 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.7616 -0.9139 0.8832 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.4022 -2.2020 1.1594 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.6524 0.8059 3.2304 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4.4048 0.6039 0.6718 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.0359 0.2648 -3.2602 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.4186 -0.8122 -1.1314 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.4998 0.3409 -1.5288 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.9240 0.9849 1.4482 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -4.2402 0.6243 0.2831 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.0367 2.5076 -0.9483 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.9202 -1.3668 0.7721 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.6847 -2.3301 -1.2828 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.2051 -0.3383 1.7340 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.6957 -2.4231 2.0750 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 2 0 2 3 1 0 2 4 1 0 4 5 2 0 5 6 1 0 6 7 2 0 6 8 1 0 8 9 1 0 9 10 2 0 9 11 1 0 11 12 1 0 12 13 1 0 13 14 1 0 14 15 1 0 15 16 1 0 14 17 1 0 17 18 1 0 17 19 1 0 19 20 1 0 11 4 1 0 19 12 1 0 3 21 1 0 5 22 1 0 8 23 1 0 12 24 1 6 14 25 1 6 15 26 1 0 15 27 1 0 16 28 1 0 17 29 1 1 18 30 1 0 19 31 1 1 20 32 1 0 M END PDB for #<Metabolite:0x00007fb80858a5d0>HEADER PROTEIN 27-MAY-19 NONE TITLE NULL COMPND NULL SOURCE NULL KEYWDS NULL EXPDTA NULL AUTHOR Marvin REVDAT 1 27-MAY-19 0 HETATM 1 O UNK 0 41.100 -26.667 0.000 0.00 0.00 O+0 HETATM 2 O UNK 0 45.056 -26.191 0.000 0.00 0.00 O+0 HETATM 3 O UNK 0 44.021 -29.377 0.000 0.00 0.00 O+0 HETATM 4 O UNK 0 39.139 -29.216 0.000 0.00 0.00 O+0 HETATM 5 O UNK 0 45.013 -24.222 0.000 0.00 0.00 O+0 HETATM 6 O UNK 0 38.345 -23.452 0.000 0.00 0.00 O+0 HETATM 7 O UNK 0 42.346 -19.602 0.000 0.00 0.00 O+0 HETATM 8 O UNK 0 39.678 -25.762 0.000 0.00 0.00 O+0 HETATM 9 N UNK 0 42.346 -24.222 0.000 0.00 0.00 N+0 HETATM 10 N UNK 0 43.679 -21.912 0.000 0.00 0.00 N+0 HETATM 11 C UNK 0 43.592 -26.667 0.000 0.00 0.00 C+0 HETATM 12 C UNK 0 43.116 -28.131 0.000 0.00 0.00 C+0 HETATM 13 C UNK 0 42.346 -25.762 0.000 0.00 0.00 C+0 HETATM 14 C UNK 0 41.576 -28.131 0.000 0.00 0.00 C+0 HETATM 15 C UNK 0 40.670 -29.377 0.000 0.00 0.00 C+0 HETATM 16 C UNK 0 41.012 -23.452 0.000 0.00 0.00 C+0 HETATM 17 C UNK 0 43.679 -23.452 0.000 0.00 0.00 C+0 HETATM 18 C UNK 0 41.012 -21.912 0.000 0.00 0.00 C+0 HETATM 19 C UNK 0 42.346 -21.142 0.000 0.00 0.00 C+0 HETATM 20 C UNK 0 39.678 -24.222 0.000 0.00 0.00 C+0 CONECT 1 13 14 CONECT 2 11 CONECT 3 12 CONECT 4 15 CONECT 5 17 CONECT 6 20 CONECT 7 19 CONECT 8 20 CONECT 9 13 16 17 CONECT 10 17 19 CONECT 11 2 12 13 CONECT 12 3 11 14 CONECT 13 1 9 11 CONECT 14 1 12 15 CONECT 15 4 14 CONECT 16 9 18 20 CONECT 17 5 9 10 CONECT 18 16 19 CONECT 19 7 10 18 CONECT 20 6 8 16 MASTER 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 42 0 END 3D PDB for #<Metabolite:0x00007fb80858a5d0>COMPND HMDB0000788 HETATM 1 O1 UNL 1 3.147 0.443 2.590 1.00 0.00 O HETATM 2 C1 UNL 1 2.109 0.271 1.855 1.00 0.00 C HETATM 3 O2 UNL 1 0.978 0.145 2.549 1.00 0.00 O HETATM 4 C2 UNL 1 2.283 0.240 0.449 1.00 0.00 C HETATM 5 C3 UNL 1 3.601 0.449 -0.040 1.00 0.00 C HETATM 6 C4 UNL 1 3.863 0.456 -1.375 1.00 0.00 C HETATM 7 O3 UNL 1 5.016 0.637 -1.810 1.00 0.00 O HETATM 8 N1 UNL 1 2.849 0.262 -2.202 1.00 0.00 N HETATM 9 C5 UNL 1 1.627 0.069 -1.725 1.00 0.00 C HETATM 10 O4 UNL 1 0.734 -0.105 -2.632 1.00 0.00 O HETATM 11 N2 UNL 1 1.260 0.043 -0.388 1.00 0.00 N HETATM 12 C6 UNL 1 -0.080 -0.196 -0.174 1.00 0.00 C HETATM 13 O5 UNL 1 -0.961 0.914 -0.330 1.00 0.00 O HETATM 14 C7 UNL 1 -2.214 0.314 -0.472 1.00 0.00 C HETATM 15 C8 UNL 1 -3.236 1.062 0.391 1.00 0.00 C HETATM 16 O6 UNL 1 -3.322 2.399 -0.008 1.00 0.00 O HETATM 17 C9 UNL 1 -2.125 -1.101 0.083 1.00 0.00 C HETATM 18 O7 UNL 1 -1.834 -2.048 -0.867 1.00 0.00 O HETATM 19 C10 UNL 1 -0.762 -0.914 0.883 1.00 0.00 C HETATM 20 O8 UNL 1 -0.402 -2.202 1.159 1.00 0.00 O HETATM 21 H1 UNL 1 0.652 0.806 3.230 1.00 0.00 H HETATM 22 H2 UNL 1 4.405 0.604 0.672 1.00 0.00 H HETATM 23 H3 UNL 1 3.036 0.265 -3.260 1.00 0.00 H HETATM 24 H4 UNL 1 -0.419 -0.812 -1.131 1.00 0.00 H HETATM 25 H5 UNL 1 -2.500 0.341 -1.529 1.00 0.00 H HETATM 26 H6 UNL 1 -2.924 0.985 1.448 1.00 0.00 H HETATM 27 H7 UNL 1 -4.240 0.624 0.283 1.00 0.00 H HETATM 28 H8 UNL 1 -3.037 2.508 -0.948 1.00 0.00 H HETATM 29 H9 UNL 1 -2.920 -1.367 0.772 1.00 0.00 H HETATM 30 H10 UNL 1 -2.685 -2.330 -1.283 1.00 0.00 H HETATM 31 H11 UNL 1 -1.205 -0.338 1.734 1.00 0.00 H HETATM 32 H12 UNL 1 -0.696 -2.423 2.075 1.00 0.00 H CONECT 1 2 2 CONECT 2 3 4 CONECT 3 21 CONECT 4 5 5 11 CONECT 5 6 22 CONECT 6 7 7 8 CONECT 8 9 23 CONECT 9 10 10 11 CONECT 11 12 CONECT 12 13 19 24 CONECT 13 14 CONECT 14 15 17 25 CONECT 15 16 26 27 CONECT 16 28 CONECT 17 18 19 29 CONECT 18 30 CONECT 19 20 31 CONECT 20 32 END SMILES for #<Metabolite:0x00007fb80858a5d0>OC[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1O)N1C(=O)NC(=O)C=C1C(O)=O INCHI for #<Metabolite:0x00007fb80858a5d0>InChI=1S/C10H12N2O8/c13-2-4-6(15)7(16)8(20-4)12-3(9(17)18)1-5(14)11-10(12)19/h1,4,6-8,13,15-16H,2H2,(H,17,18)(H,11,14,19)/t4-,6-,7-,8-/m1/s1 3D Structure for #<Metabolite:0x00007fb80858a5d0> | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Formula | C10H12N2O8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Average Mass | 288.2109 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Monoisotopic Mass | 288.05936537 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IUPAC Name | 3-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydropyrimidine-4-carboxylic acid | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Traditional Name | orotidine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CAS Registry Number | Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMILES | OC[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1O)N1C(=O)NC(=O)C=C1C(O)=O | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Identifier | InChI=1S/C10H12N2O8/c13-2-4-6(15)7(16)8(20-4)12-3(9(17)18)1-5(14)11-10(12)19/h1,4,6-8,13,15-16H,2H2,(H,17,18)(H,11,14,19)/t4-,6-,7-,8-/m1/s1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Key | FKCRAVPPBFWEJD-XVFCMESISA-N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemical Taxonomy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | Belongs to the class of organic compounds known as pyrimidine nucleosides. Pyrimidine nucleosides are compounds comprising a pyrimidine base attached to a ribosyl or deoxyribosyl moiety. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kingdom | Organic compounds | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Super Class | Nucleosides, nucleotides, and analogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Class | Pyrimidine nucleosides | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sub Class | Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Direct Parent | Pyrimidine nucleosides | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative Parents |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Substituents |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Framework | Aromatic heteromonocyclic compounds | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Descriptors |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Functional Ontology | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Physical Properties | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
State | Expected Solid | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Properties |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological Properties | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Locations |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biospecimen Locations |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Locations |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Associated OMIM IDs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Human Proteins and Enzymes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Human Pathways | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pathways |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Metabolic Reactions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Health Effects and Bioactivity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Microbial Sources | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Exposure Sources | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Host Biospecimen and Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Links | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HMDB ID | HMDB0000788 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DrugBank ID | Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenol Explorer Compound ID | Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FooDB ID | FDB012085 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KNApSAcK ID | C00054976 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemspider ID | 83729 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KEGG Compound ID | C01103 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BioCyc ID | Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BiGG ID | Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Wikipedia Link | Orotidine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
METLIN ID | 5754 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PubChem Compound | 92751 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ChEBI ID | 25722 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Food Biomarker Ontology | Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synthesis Reference | Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
General References |
|